Den 21. Mars 1925 startet en virksomhet i Arendal under navnet «Den lille Indremisjon». 37 personer var med å starte foreningen, men allerede på første medlemsmøte 30. Mars hadde flokken vokst til 83 medlemmer og innen utgangen av året var medlemstallet 100. I 1932 sluttet venneflokken seg til Det Norske Misjonsforbund.

Det er særlig to perioder som i historien særlig fremheves. I 1943 opplevde menigheten hva de selv karakterisere på følgende måte. «Det intense vekkelsesarbeid ved våre predikanter i og omkring byen er blitt kronet med hell» 74 medlemmer ble tatt opp dette året. En annen periode som fremheves er tidlig på 70-tallet. I 1971 var det vekkelse-kampanje med evangelist Freddy Fredriksen som varte i 12 uker og mange ble frelst.

Ellers bærer historien stort sett preg av at menigheten har hatt stabile medlemmer og i liten grad vært preget av stridigheter. Det har ikke vært menighetssplittelse selv om det har vært spenninger, bla. I 1931 da en bestemte seg for å gå inn i DNM. Protokollen fra dette året avslører åndelig og økonomisk krise.

Siden 1937 har menigheten hatt fast pastor, og blitt i hovedsak betjent av pastorer med DNM bakgrunn. Menigheten har hatt ulike lokaler men siden 1967 har menighetslokale vært en hjørnegård, Nygata 5.
Nå har Misjonskirken Arendal bygget nye lokaler på nesten 2000 kvm på Myra i Arendal. Vi flyttet inn høsten 2008 og er stolte og takknemelige over det flotte kirkebygget vi har fått.